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优化网站结构有两方面的意思，一是物理结构，二是逻辑结构。
网站物理结构指的是网站真实的目录及文件所存储的位置所决定的结构。
一般来说比较好的物理结构可以有两种，一是扁平式的，也就是所有网页都存在网站根目录下。像这样：
……
所有这些页都是在根目录这一级别，形成一个扁平的物理结构。
这比较适合于小型的网站，因为如果太多文件都放在根目录下的话，制作和维护起来都比较麻烦，容易搞乱。
第二种就是树型结构，也就是根目录下分成多个频道，或者叫类别，目录等，甭管名称是什么，都是一个意思，然后在每一个频道下面再放上属于这个频道的网页。比如频道分为：
……
在频道下再放入具体的内容网页：
……
网站结构的第二个意义指的是逻辑结构或链接结构，也就是由网页内部链接所形成的逻辑的或链接的网络图。
比较好的情况是逻辑结构与前面的树型物理结构相吻合，也就是说：
主页链接向所有的频道主页
主页一般不直接链接向内容页，除非是你非常想推的几个特殊的页
所有频道主页都连向其他频道主页
频道主页都连回网站主页
频道主页也连向属于自己本身频道的内容页
频道主页一般不连向属于其他频道的内容页
所有内容页都连向网站主页
所有内容页都连向自己的上一级频道主页
内容页可以连向同一个频道的其他内容页
内容页一般不连向其他频道的内容页
内容页在某些情况下，可以用适当的关键词连向其他频道的内容页
频道形成分主题
仔细读前面这几句话，你可以清楚的看到这些链接会很自然的形成一个树型的网络图，而这种逻辑的或链接的网络可以与物理结构重合，也可以不一样。比如扁平式的物理结构网站也完全可以通过链接形成逻辑上的树型结构。
对搜索引擎来说更重要的是由链接形成的逻辑结构。
有不少人有误解，认为物理结构比较深的网页不容易被搜索引擎收录。比如说
像这样目录结构比较深的网页，是不是就不容易被收录呢？那不一定，如果这个页在网站的主页上有一个链接，对搜索引擎来说它就只是一个仅次于主页的二级网页。
收录的容易与否是在于离主页有几次点击的距离，而不是它的物理位置。
对稍有些规模的网站来说，一般树型逻辑结构的网站是比较好的。
从我看的网站来判断，大部分中国人的网站逻辑思维比较清楚，所以大部分中文网站都是按照这种结构做成的。其实有不少英文网站的逻辑结构还真是蛮乱的。